本发明公开了一种车载ECU系统软件的安全启动和安全刷新方法，包括以下步骤：制作烧写文件；Bootloader程序启动,对启动程序进行身份确认，再对启动程序Falsh数据完整性进行确认；升级文件制作，制作升级文件所需的固件；升级文件下载；主控ECU的Bootloader程序对固件中的程序和数据进行刷新；主控ECU对多个子控ECU进行升级。本发明设置各类ECU系统升级管理机制，可防止软件固件错乱，实现了ECU系统程序兼容。同时，选择了身份的验签和完整性校验，在启动相关程序前，根据程序的大小定制了不同的算法，使得程序启动时间大大减少，提升了系统软件的性能。