本申请涉及电信号分析技术领域，具体涉及一种PCBA控制板测试方法及系统，该方法包括：获取各测试点的窗口电压序列和电位变化周期序列；在每个时间窗口的各电位变化周期序列中，计算每个时间窗口的各电位变化周期序列的点位突变系数；根据所有电位变化周期序列的点位突变系数以及电压与控制板高低电位之间的差异情况构建每个窗口电压序列的点位失真紊乱系数；计算每个窗口电压序列的控制板耦合缺陷判定指数，完成对PCBA控制板的测试。本申请通过分析控制板测试点波形失真情况以及失真特性，判定波形失真是由设计缺陷或外在因素波动引起的，最终实现对PCBA控制板的高精度检测。