本发明公开了一种用于水质污染源在线异常分析系统及方法，属于水质污染分析领域，本发明对水质监测点的监测数据进行分析，得到疑似水质检测异常点，将疑似排放区域上游和下游的水质监测点的监测数据导入疑似水质检测异常点监测数据核对模型中进行监测数据核对，获取监测数据核对结果，且根据核对结果判断是否进行污染源查找，将核对后的疑似水质检测异常点监测数据和水体沿线附近工厂的企业污染物排放报备情况代入污染源查找策略中进行污染源的查找，将查找得到的污染源信息传输至污染监管部门，进行污染源的实时播报，对水质监测点的监测数据进行准确核对，提高了污染源播报的准确性。