本发明公开了一种燃料电池单极板清洗系统，燃料电池技术领域。包括自动输送链及沿自动输送链输送方向依次独立设置的溶液清洗组件、喷淋组件、纯水清洗组件；自动输送链输送单极板依次经过溶液清洗组件、喷淋组件及纯水清洗组件；溶液清洗组件使用专用清洗液对燃料电池单极板表面进行；喷淋组件对经过溶液清洗组件的清洗的燃料电池单极进行初步纯水清洗；纯水清洗组件对经过喷淋组件初步纯水清洗的燃料电池单极板进行二次纯水清洗，能够自动高效完成对单极板热压后的清洗工作。