本发明涉及一种用于深海岛礁的箱板装配式掩体建筑结构及其装配方法，该箱板装配式掩体建筑结构埋设在深海岛礁地层以下，包括：两组凸形滑轨，对称埋设固定在深海岛礁地层内，每组凸形滑轨均沿其长度方向布置有内外两条条形凸起；掩体屏障，包括两组屏障墙体和复合抗爆屋面，两组屏障墙体的顶部和底部分别插接连接有多凹槽屏障限位件一和多凹槽屏障限位件二，两组屏障墙体的底部通过多凹槽屏障限位件一插接固定在外侧条形凸起，复合抗爆屋面插接固定于多凹槽屏障限位件二内；多个可滑动防护屋，设置在掩体屏障内，每个可滑动防护屋的底部均通过多凹槽插接组件滑动插接在内侧条形凸起上。本发明具有高抗力、易拆卸、耐久性强且对海岛配套防护设施建设有良好的适应性的特点。