本发明公开了一种基于细胞外囊泡的结核分枝杆菌疫苗靶抗原的筛选方法，属于抗原筛选技术领域。本发明从结核分枝杆菌培养液以及结核分枝杆菌感染巨噬细胞的培养液中，分别获得H37Rv‑EVs和H37Rv‑Mφ‑EVs，并且在小鼠动物模型中验证了H37Rv‑EVs和H37Rv‑Mφ‑EVs具有抗结核免疫保护作用，可用于结核疫苗抗原筛选；利用蛋白质谱技术分析了H37Rv‑EVs，H37Rv‑Mφ‑EVs的结核蛋白组分，从EVs中鉴定出用于结核疫苗研发的靶抗原。以该方法筛选出的抗原均具备优异的免疫原性，证明本发明的方法可成功应用于靶抗原的获取。