本申请实施例公开了一种基于深度学习的实时卫星钟差估计基准跳变补偿方法，涉及GNSS导航定位授时技术领域，该方法包括：实时采集观测到的所有卫星的钟差估计值；若根据所有卫星的钟差估计值判定卫星钟的钟差基准发生变化，则将钟差基准变化前多个历元的钟差估计值输入卫星钟差预测模型，通过模型预测得到各个历元的钟差预测值，进而计算得到对应历元的钟差补偿值，根据钟差补偿值对待补偿卫星进行补偿。本申请利用钟差预测值与钟差估计值计算钟差补偿值，进而能对基准更改后的卫星钟钟差进行补偿，即使钟差基准发生跳变，也能实现精确的卫星钟估计，以避免卫星钟基准跳变导致的钟差估计精度降低的影响，为高精度的导航定位提供技术支持。