本发明属于航天器电子器件冷却技术领域，涉及一种用于航天器电子器件的自适应相变冷却系统，包括：设置在航天器内部的电子器件板、辅助动力压缩机、储液罐，以及设置在航天器太空腔壁层中的分离冷却管，冷却剂干管连通至辅助动力压缩机，辅助动力压缩机连通至分离冷却管，分离冷却管连通至储液罐，储液罐连通至冷却剂干管；分离冷却管用于将冷却剂回流进口流入的冷却剂降温后自液态工质流道流出；通过针对不同散热需求的电子器件设定不同的散热量与散热模式，使得电子器件板和发热器件设计及温度分布监控，可以使得冷却剂按需供给流量将热量吸收进行冷却以及与发热功率相匹配的散热供给，降低泵功，散热效率更高。