本发明公开了一种深水软弱地基复合基础，包括：沉箱，其部分沉入海面以下，并位于海床面以上；所述沉箱内预留有多个沉箱隔舱空心节点，其为空心结构，沿着所述沉箱的高度方向贯通；沉箱顶部对应沉箱隔舱空心节点的位置分别设置一个抱箍；每个所述沉箱隔舱空心节点内同轴插入一根钢管桩；本发明的桩基随箱浮运深水基础结构与建造方法，充分利用了桩基础深基础和沉箱浅基础的特点，设计了百米水深跨海基础结构，形成了桩箱同浮的高效施工方法，减少了跨海桥梁在恶劣海况下的施工时间，通过桩基础的初定位实现了基础结构施工的永临结构，实现了百米水深软弱基础结构高效施工。