本发明提供了一种航空轴频磁场探测噪声抑制方法及装置，包括：步骤一，通过交变电偶极子等效源正演建模获取标准轴频磁场信号；步骤二，通过试验观测和数学仿真获取噪声干扰样本，构建含噪轴频磁场信号；步骤三，以含噪轴频磁场信号为输入，标准轴频磁场信号为预期输出，设计并训练多组一维降噪自编码器深度学习网络模型；步骤四，对训练得到的多组降噪自编码器网络权重系数进行主成分分析，获取最优网络系数，搭建优化后的网络模型；步骤五，通过实测轴频磁场数据对优化后的网络模型进行测试和进一步优化，得到最优网络模型；步骤六，将待优化的轴频磁场数据输入最优网络模型，完成航空轴频磁场探测噪声抑制。应用本发明的技术方案，以解决现有水下目标航空轴频磁场探测中环境噪声干扰抑制困难的技术问题。