本发明公开了一种基于破损分区的隧道突涌水安全风险评价方法及系统，包括通过瞬变电磁法确定隧道前方含水结构的范围和位置；通过图解法确定隧道的破坏区范围；根据隧道的竖向应力扰动因子和水平向应力扰动因子，确定隧道的应力扰动弹性区范围；根据隧道的破坏区范围和隧道的应力扰动弹性区范围确定隧道的天然应力区；对比含水结构及隧道的空间距离与破坏区、应力扰动弹性区、天然应力区的重叠关系，确定含水结构的突涌水安全风险等级；对确定为中风险的含水结构，根据其受力特征计算其危险性分级系数；根据其危险性分级系数确定其细分风险等级，进而获得隧道突涌水安全风险综合评价结果，实现隧道突涌水的有效防控。