本申请公开了一种基于行为特征的工控主机木马检测方法及系统，方法包括：监测并记录工控主机被登录的尝试结果，当在预设时间段内检测到超过预设阈值数量的登录失败信息时，将该事件标记为异常登录行为；在检测到异常登录行为之后检测到登录成功事件后，比对登录成功事件发生前后的工控主机的文件系统状态，检测是否出现新增文件；当检测到工控主机出现异常登录行为、登录成功事件以及文件系统出现新增文件的行为特征依次出现时，判定工控主机受到木马入侵，并生成入侵预警信息。本发明应用于木马检测时，消耗资源极少，适合于工控场景下对于工控主机的木马检测，克服了现有技术缺乏对工控主机木马入侵进行及时有效检测的缺陷。