本发明公开了一种GNSS对流层延迟误差处理方法及系统，方法是首先计算天顶总延迟，再计算GNSS测站的测站天顶对流层延迟，然后深度学习模型的训练数据进行训练，得到预测模型，然后通过编码器获得待预测时间序列的编码特征，最后通过解码器获取测站天顶对流层延迟预测值，系统包括天顶总延迟计算模块、测站天顶对流层延迟计算模块、预测模型训练模块、编码特征获取模块、测站天顶对流层延迟预测模块，本发明通过深度学习模型、编码器、解码器从而得到测站天顶对流层延迟预测值，提高整体监测解算精度的目的，能够实现GNSS系统误差信号的精确处理。