本申请涉及磷酸亚铁制备技术领域，尤其涉及一种食品级磷酸亚铁的制备方法及系统；所述制备方法包括：使用铁氧化细菌对窑法磷酸生成的工业磷酸废液进行铁氧化，后加入碱性溶液进行沉淀和过滤，以得到混合液；向混合液中加入还原剂和螯合吸附剂进行还原吸附，后进行酸碱度调节和过滤，以得到粗级磷酸亚铁溶液；使用离子交换树脂对粗级磷酸亚铁溶液进行除杂，后进行第一真空干燥，以得到食品级磷酸亚铁；螯合吸附剂的原料包括：质量比为10～15:100:30～40的乙二胺四乙酸二钠、沸石纳米粒子和铁白云石；该制备方法可以直接从窑法磷酸生成的工业磷酸废液回收大量纯度达到92％以上的食品级磷酸亚铁产品。