本发明实施例公开了一种基于无人机的水上卡口检测方法及系统，其中，该方法包括：获取当前时刻云台摄像头采集的第一待识别图像及固定摄像头采集的第二待识别图像；采用目标识别模型对第一待识别图像及第二待识别图像分别进行识别，得到第一识别目标及第二识别目标；将第一识别目标的第一目标框转换到第二识别目标所属坐标系中，得到转换目标框；将转换目标框与第二目标框进行匹配；根据第一识别目标与上一时刻的第三识别目标进行目标跟踪，根据第二识别目标与上一时刻的第四识别目标进行目标跟踪，为同一识别目标分配唯一的目标ID；对同一目标ID的第一目标框及第二目标框进行信息识别，得到目标相关信息。提高信息的可靠性。