本发明公开了一种用于肺癌诊断的计算机装置及其应用。本发明提供了用于肺癌诊断的计算机装置，包括存储器、处理器及存储在存储器上的计算机程序，处理器执行计算机程序以实现如下步骤：采集A和B两类型样本的PRTN3基因甲基化水平数据，建立数学模型，确定阈值；输入待测者的PRTN3基因甲基化水平数据并代入数学模型，得到检测指数，与阈值比较，得到待测样本是A还是B类型的结论；A和B类型样本分别为肺癌和无癌对照。本发明研究发现了肺癌患者血液中PRTN3基因的低甲基化现象，本发明对提高肺癌早期诊疗效果和降低死亡率均有重要的科学意义和临床应用价值。