本发明公开了一种高性能聚酰胺复合膜及其制备方法和应用，属于水处理膜技术领域，方法包括：(1)对多孔支撑膜进行荷负电改性，得到荷负电支撑膜；(2)先后将含多元胺的水相溶液和含多元酰氯的油相溶液沉积到荷负电支撑膜上，经界面聚合反应制备得到所述的高性能聚酰胺复合膜。本发明方法在荷负电支撑膜上通过界面聚合单体吸附及扩散协同调控的方法制备聚酰胺复合膜，两者协同作用不但改变了聚酰胺分离层的本征物理结构，减小了分离层实际厚度，降低了水渗透阻力，同时影响了分离层表面的化学性质，使分离层表面带有更多的负电荷，强化了膜对带电粒子的道南排斥效应，实现聚酰胺复合膜水渗透通量和截留率的同步提升。