本发明提供一种核桃蛋白粉的超临界CO2流体制取及灭菌方法，包括步骤：S1：核桃脱壳、粉碎得到核桃粉；S2：将核桃粉置入超临界CO2萃取装置中，设定萃取压力为20～50MPa，萃取时间180～360min，萃取温度45～65℃；S3：开启超临界CO2萃取设备，每隔30min收取一次萃取出的核桃油，直至无核桃油流出为止；S4：释放超临界CO2萃取装置的压力，将核桃蛋白粉取出。本发明提供的核桃蛋白粉的超临界CO2流体制取及灭菌方法，提供了一种低温、绿色、有效、经济的核桃萃取、灭菌方法，在萃取得到萃取物核桃油的同时，对萃余物核桃蛋白粉同步进行灭菌，核桃油萃率、酸值、过氧化值等理化指标均符合国家标准，得到的核桃蛋白粉颜色更白，粒度更细，细菌、真菌灭菌率达到100%。