本发明公开了一种基于MPCVD设备的金刚石表面杂质去除方法，所述方法包括：当接收到第一刻蚀指令时，则对待刻蚀金刚石所处的反应腔体进行抽真空处理；当抽真空处理完成时，则向反应腔体充入预设流量范围的氢气和氧气，并进行等离子体激发处理，得到氢氧等离子体；根据氢氧等离子体对待刻蚀金刚石的生长面进行生长面刻蚀处理，以完成待刻蚀金刚石的生长面杂质去除；当接收到第二刻蚀指令时，则获取氢等离子体，并根据氢等离子体对待刻蚀金刚石的背面进行背面刻蚀处理，以完成待刻蚀金刚石的背面杂质去除。本发明通过MPCVD设备激发氢气和氧气产生氢氧等离子体，能够对金刚石表面杂质进行有效去除，保证了金刚石质检的正常进行。