本发明提供的一种错位包胶系统及方法，错位包胶方法包括：传输线带动具有多个电芯放置位的电芯载具移动；实时判断移动至上料区的电芯载具的所有电芯放置位中是否有料；若至少部分电芯放置位中有料，则该部分电芯放置位对应的包胶装置分别将对应电芯放置位中的电芯抓取并进行包胶后，将完成包胶的电芯放置在传输线上输出；若所有电芯放置位中均无料，则传输线前移，以将相邻的下一个电芯载具移动至上料区。通过在传输线上设置具有多个电芯放置位的电芯载具，用以装载并输送待包胶的电芯，并设置多个与所述电芯放置位一一对应的包胶装置，以分别对多个电芯放置位中的电芯进行包胶作业，可以实现对多个电芯的同时包胶作业，大大提高了电芯包胶效率。