本发明公开了一种微流控自动化核心控制平台，包括异构多核边缘智能加速处理系统、第一千兆以太网模块、视频输入模块、视频输出模块、工业通信模块、交互模块、传感监控模块、系统控制单元及配置模块、FPGA实时数据处理与工业控制系统、PCIe模块、万兆以太网光纤模块、第二千兆以太网模块、支持多协议接口工业控制模块、多媒体采集与显示模块、电源模块、时钟模块和复位模块。本发明结合异构多核边缘智能加速处理器与FPGA芯片解决现有的微流控合成控制平台存在的自动化程度低、操作复杂、控制精度不高等问题，可精准控制复杂的微流控自动化合成，平台实时性强、操作简易，可构建本地数据库存储反应信息并与云端交互，实时监控反应异常保证平台安全、稳定运行。