本发明公开了一种抽水蓄能电站无人机巡查方法和系统，属于无人机巡查技术领域，将抽水蓄能电站的巡查范围划分为一个基准巡查区域和若干单元巡查区域，并基于区域的划分，配置搭载有中继模块的中继无人机和搭载有任务载荷的作业无人机，实时采集并传输基准巡查区域和单元巡查区域内的图像信息；基于抽水蓄能电站巡查区域的划分，结合巡查区域标定和巡查优先级设置，一方面保证了巡查的完整性，另一方面，根据创新性的巡查优先级设置方法，相较于固定的巡查方法而言更科学、合理，且只需在一个操作点即可实现对大范围的巡查范围进行无人机巡查，无需操作人员携带无人机移动至不同的操作点，而且基于区域的划分并巡查，可以有效地避免巡查遗漏。