本发明公开了一种结合FOXJ1蛋白的核酸适配体及其应用，所述核酸适配体具有如SEQ ID NO.1、SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列；或具有与SEQ ID NO.1、SEQ ID NO.2至少30％同源性且结合FOXJ1蛋白的核苷酸序列；或具有由如SEQ ID NO.1、SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列转录的RNA序列。本发明核酸适配体结构相对稳定、简单、易于修饰以及短期内可以人工合成、化学性质稳定、易于保存和标记；可用于检测、诊断、成像以及治疗等方面，应用前景广阔。