本申请涉及一种基于水面线预测的库区淹没预报调度方法及系统，方法包括，收集库区各个水位站点的高程系统资料，得到坐标系统一的本底数据库；构建库区水面线动态预测模型；随机抽样获取海量情景；构建库区淹没预报优化调度模型，获得海量情景下库区淹没预报调度方案样本集；基于不同情景下库区淹没预报调度方案样本，提炼最优调度策略的规律性信息，制定库区淹没预报调度规则。本发明能及时计算水面线、准确评估库区土地线、移民线的淹没风险，避免可能的灾害损失，有助于在水库优化调度的同时尽可能降低对库区回水淹没影响，能够提升库区科学调度水平，充分发挥水库综合效益。