本发明涉及一种海洋新能源工程桩基生态化改造结构及方法，为海洋生物提供庇护场所，提高生物多样性。适用于海洋生态保护与修复技术领域。本发明所采用的技术方案是：包括由上至下依次布置的生物栖息板、多孔式生物礁以人工鱼礁；所述生物栖息板套设在桩基上，其开设有若干个贯通上下表面且多种孔径的导流孔，生物栖息板的外缘通过绑带绑扎大型海藻从而在桩基周围形成海藻场；所述多孔式生物礁固定在桩基外壁，其内部为空心结构，表面开设有多种孔径的通孔供海洋生物进出并且实现导流；所述人工鱼礁堆叠在桩基的底部周围。