本发明提供一种高强度磁兼容聚醚醚酮复合材料的制备方法，其包括如下步骤：准备合金丝材和聚醚醚酮粉末，对合金丝材进行表面预处理，将表面预处理后的合金丝材铺设至型腔模具中，合金丝材在型腔模具中的铺设方式采用多层叠加铺设，相邻的合金丝材间设有铺设角度，然后在型腔模具中填充聚醚醚酮粉末，将聚醚醚酮粉末与合金丝材均匀混合，再利用型腔模具加压成型，将加压成型后的聚醚醚酮模型放入高温烘箱中进行烧结，烧结完毕后，得到高强度磁兼容聚醚醚酮复合材料。其解决了现有聚醚醚酮复合材料磁兼容性差，在X光射线下产生伪影，以及抗拉强度低，难以应用在人体承重部位的技术问题。本发明可广泛应用于高强度磁兼容聚醚醚酮复合材料的制备。