本发明公开了一种适用于珊瑚礁地形的水动力及泥沙输移的模拟方法，包括以下步骤：S1、建立珊瑚礁地形模型，进行网格划分，设置边界条件；S2、对珊瑚礁地形的气液和液相进行设置；S3、设置用于模拟珊瑚礁上泥沙输移及地形变化的动网格模型，选择珊瑚礁底床为动网格边界；S4、设置水动力模型及参数、泥沙模型及参数，泥沙模型包括推移质泥沙输移和悬移质泥沙输移；S5、计算程序运行求解，输出后处理的计算数据。本发明提供的预测方法由于采用相位解析方法，可以分析出波浪与泥沙输移之间的相位关系：将泥沙输移分为推移质泥沙输移和由波浪引起的悬移质泥沙输移；相较于现有水动力泥沙模型对波浪非线性较强的海域的水动力模拟更加精确。