本发明提出一种基于多目标动态优化健康退化指数的泵站机组健康评估方法和系统。其中，方法包括：应用预处理后的多维时间序列数据和训练标签训练基于交互式图神经网络的健康基准模型；应用健康基准模型预测健康状态评估特征变量的预测值；基于马氏距离计算健康状态评估特征变量的预测值与健康状态评估特征变量的实时监测值的距离，构建健康状态评估特征变量的健康退化指数；应用健康退化指数，构建并求解用于确定健康退化指数的权重的多目标函数；得到健康退化指数的权重；将权重和健康退化指数加权求和，得到综合健康退化指数。本发明提出的方案能够通过优化权重分配显著提高了评估的精度和全面性，更准确地反映设备实际运行的健康状态变化。