本发明公开了一种区域水资源配置与调度系统动态建模方法及系统，该方法通过收集区域数据，确定水资源管理管控断面，并采用耦合度‑Spearman相关系数法和障碍度模型‑QAP法筛选出与管控断面相关的水资源供需对象、以及与供需对象相关的关键因子。基于复杂网络理论，构建单个水资源供需模型CN‑Agent，并通过ML‑SSGN算法优化其行为选择。使用MAS理论和ACL通信语言，动态构建水资源配置与调度系统、以及多个CN‑Agent的协作机制，生成多种调度方案。最后，采用FCM‑PCA‑VIKOR方法对方案进行排序，选出最佳实施方案。该系统可为区域水资源调度提供科学的实施方案。