本发明公开了一种电碳系统双向协同出清方法及装置。方法包括：将碳配额供应阶段的碳配额出清代价参数输入碳系统出清模型中，模型输出碳配额获取端的期望碳配额量；将电力系统的预设代价参数输入电力系统出清模型中，模型输出电力系统的期望发电功率；将期望碳配额量和期望发电功率输入双层系统均衡出清模型中，模型进行优化迭代后输出出清代价参数和期望电量，完成电碳系统双向协同出清。本发明方法相比传统单一系统出清方法，有助于建立电碳系统协同运行机制，协同出清电碳系统的用户在电力系统中的电力代价参数将会降低，同时碳需求与交互量相应减少，有助于促进减排。