本发明公开一种底栖生物生境多样性评价方法，所述方法包括以下步骤：步骤1、确定研究河段底栖生物各生境要素的适宜范围；步骤2、划分生境类型；步骤3、计算生境多样性指数；步骤4、生境多样性与生物多样性相关性分析；步骤5、确定研究河段的生态流量过程。本发明所述方法可以兼顾不同物种在不同时段生境需求的差异，利用统计学方法构建生境多样性与生物多样性的定量关系，解决底栖生物生境保护目标不清的问题，在明晰生物多样性与生境多样性关系的基础上，通过确定坝下河段的生态流量，为开展水库生态调控、缓解水利工程生态影响提供支撑。