本发明提供一种多波束水下地形测量方法、系统及存储介质，首先采用多波束测深仪对复杂水下环境地形进行初步扫描，然后根据得到的初步水底地形地貌对水底地形地貌进行分类，获取最大水底水深确定多波束扫描开角，提取不同地形地貌的几何参数，然后根据多波束扫描开角和水底地形地貌参数进行测量航线计算，最后根据规划的测量航线对复杂水下环境地形进行精细化测量。本发明可提高复杂水下环境下多波束测量的工作效率，可以提高水底点云数据成果分布均匀性，避免外出作业多波束测量中的测量盲区的产生，以及后续返工或反复多次测量，同时也避免了大量重复测量数据的产生，大大提高了测量作业效率。