本发明提供一种基于IP核复用和多PCS集成的FC协议控制器及通路配置方法。该FC协议控制器主要包括：两个PCS选择模块和两个速率选择模块；两个速率选择模块用于生成PCS模块选择指示信号；两个PCS选择模块均包括数据收发端、信息配置端和用于连接多个PCS模块或IP核的PCS接口；其中一个数据收发端与serdes模块连接，另一个数据收发端与MAC模块连接，信息配置端均用于获取给定的链路速率和PCS模块选择指示信号；如此，PCS选择模块可以根据给定的链路速率对系统时钟进行分频，使得多个不同频点的PCS接口所连接的PCS模块与分频后的时钟信号相匹配，根据PCS模块选择指示信号将数据传输至对应频点的PCS模块，或者从对应频点的PCS模块中获取传输的数据。