本发明公开了一种非均质松散含水层治理施工方法，针对治理区查明的边界、导水通道和正常区域，形成了锁边式、盖顶式和螺旋下行式一整套施工工法，较以单一的往松散层注浆改造技术具有更强适用性；本发明引入可注性系数描述非均质松散含水层在不同区域注浆治理的差异性。同时，为保证非均质松散含水层的注浆治理效果，提出钻孔螺旋下行式施工工法，即利用关键孔与普通孔按一定次序进行分段下行协同注浆，相较中心开花式工法大幅提升了松散含水层中网状浆脉覆盖范围和扩展方向，增强了松散层驱水固沙效果。此外，该工法根据非均质松散含水层可注性系数不同，对钻孔单元内钻孔个数、注浆段长进行动态调整，提升注浆改造效果的同时节省了施工成本。