本发明涉及一种飞秒激光加工热敏金属材料的方法及系统，飞秒激光器产生的飞秒激光束，依次经过光学模块的扩束、准直、偏振处理之后完全反射到高能飞秒激光长工作距离聚焦镜中进行聚焦，聚焦后的飞秒激光束入射至待加工热敏金属材料样品的表面，飞秒激光束与样品按预设的路径做相对移动进行加工；本发明通过调整飞秒激光束平均功率、扫描速率以及平台单次进给量改变激光通量，实现热敏金属材料的高质量切割，并采用高能飞秒激光长工作距离聚焦镜调整聚焦条件缩小激光聚焦区域，从而提高加工精度；通过本发明飞秒激光加工热敏金属材料的方法加工得到的产品，切割断面无热影响区，粗糙度较小，精度较高，产品质量的一致性较好。