本发明公开了一种制备高堆积密度色氨酸的结晶方法，属于氨基酸生产技术领域。本发明解决了目前色氨酸晶体堆积密度较低的问题。制备高堆积密度色氨酸的结晶方法为将色氨酸发酵液过滤得到清液，将清液进行脱色获得脱色清液；将脱色清液浓缩成过饱和溶液；将过饱和溶液泵送入原位结晶反应器中，流出液在浓缩装置与原位结晶反应器中循环，至浓缩装置内料液体积达到脱色清液体积1/10时停止反应，然后每蒸发原液体积的30％时清理一次反应器中的晶体；将清理下来的湿晶体混合后称重，向湿晶体中加入去离子水并搅拌，对晶体进行淘洗，得到的湿晶体烘干后，检测产品纯度及堆密度。本发明所述的方法适用于氨基酸生产领域。