本发明公开了一种燃气轮机组余热锅炉汽包的自动控制系统及方法，该系统包括汽包上水调节控制模块；汽包上水调节控制模块的输入端连接有设置在汽包上的汽包水位计、汽包入口给水流量计和汽包出口的饱和蒸汽流量计，汽包上水调节控制模块的输出端连接有设置在与汽包连接的给水管道上的汽包上水调阀和汽包上水旁路调阀；汽包上水调阀和汽包上水旁路调阀的入口管道设置有给水泵，用于连接锅炉给水系统；该方法中汽包上水调节控制模块通过汽包的水位、当前给水流量和饱和蒸汽流量控制汽包上水调阀和汽包上水旁路调阀的开度，改变汽包进水总流量来维持汽包水位的稳定，避免机组在启动、停运以及正常运行过程中负荷的突变引起水位的剧烈变化。