本发明提供一种基于软测量技术的新型层流质量流量控制系统及控制方法，包括主控制器、通信模块、存储器、比较及选择模块、A/D转换器、D/A转换器、软测量模块、压差传感器、压力传感器、温度传感器、连接管道一、连接管道二、高压侧检测口、层流元件、低压侧检测口、后置调节阀。当压差传感器测量值不准确时，控制系统的流量精度也不准确。为了减小和避免该流量精度下降，在控制系统中增加了软测量模块，该模块可计算出压差传感器的理论计算值，通过在采用压差传感器实际检测值和理论计算值之间切换，避免了压差传感器性能下降所引起的控制系统的流量精度的下降问题。本发明具有高可靠性、高稳定性、控制精度高、抗干扰能力强的特点。