本发明涉及一种复合微生物菌剂及其制备方法与应用，所述菌剂包含以下组分：组分1：保藏编号为CCTCC No：M 20232276的耐盐芽胞杆菌、黄芪多糖、玉米浆和黄腐酸；组分2：保藏编号为CCTCC No：M 2021249的百岁兰曲霉、海藻酸、酵母提取物和糖蜜液；组分3：营养元素（P5O2、K2O、钙、镁、锌和铁）。该复合微生物菌剂在烟草育苗过程中，用量为50‑150g/96株/次，3次后可显著提高烟草育苗基质土壤微生物多样性、烟苗农艺性状、根系酶活性和活力，提高烟株脯氨酸、苯丙氨酸和脂肪酸含量，降低猝倒病、立枯病、炭疽病、病毒病和灰霉病等病害的病情指数，在作物培育壮苗方面具有广泛的应用前景。