本发明涉及分子标记技术领域，特别涉及方格星虫SSR引物组及其应用和构建方格星虫核心种质的方法，本发明利用自行构建的方格星虫SSR引物组对方格星虫的8个群体，333个样本进行遗传分析，并筛选出方格星虫种质的核心种质，该种质能够在分子水平有效的代表333份原种质的遗传多样性，为提高种质资源的利用效率奠定坚实基础。本发明筛选出的SSR引物组具有多态性好，特异性高的特点，利用该引物组进行聚类分析、构建核心种质都能取得良好的效果，是一种准确、高效的SSR分子标记，能为今后方格星虫开展遗传育种、基因组作图、基因定位和物种亲缘关系鉴别等研究提供新的基因位点和鉴定引物。