本发明提供了基于花青素形态标记鉴定番茄单倍体诱导系诱导效率的方法，该方法利用绿胚轴雄性不育纯合突变体与待鉴定诱导效率的单倍体诱导系进行杂交，杂交后代获得的绿胚轴株均为单倍体，该方法简单、快速高效，统计结果可靠。本发明还提供了基于花青素形态标记筛选单倍体的方法，该方法向通过上述评估单倍体诱导效率的方法确定的诱导效率最高的单倍体诱导系中导入花青素调控基因使其过表达花青素，由此获得诱导效率最高的花青素过表达单倍体诱导系，基于该诱导系培养单倍体可快速有效筛选单倍体，且对诱导效率无显著影响，可加速番茄单倍体育种。