本发明公开了一种超薄取向分子筛膜及其制备方法，该方法包括以下步骤：(1)制备分子筛晶种与纳米晶种；(2)将步骤(1)得到的分子筛晶种均匀涂覆到载体上；(3)配制分子筛膜前驱体合成液；(4)将步骤(2)得到的载体和步骤(3)得到的合成液进行合成；(5)将步骤(1)得到的纳米晶种涂覆至膜表面缺陷处，然后重复步骤(4)再次进行合成；(6)焙烧后得到超薄分子筛膜。本发明采用纳米晶种填补膜缺陷，提高了制备重复性，同时使用完整晶种和固相转化法在载体上制备取向分子筛膜，相对于传统的水热合成，固相转化法很大程度上减少了合成废液的产生，有效控制了膜厚与取向生长。