本发明涉及包含磷酸化修饰低聚糖的漱口水及其制备方法和应用。本发明分别以桑枝和桑椹等桑资源作为原料，采用特定工艺方法对其中低聚糖活性成分进行提取，随后采用甘露聚糖酶进行酶解并酸解后制得具有特定分子量的低聚糖，并进一步对低聚糖进行磷酸化修饰，以获得磷酸化修饰低聚糖。以该磷酸化修饰低聚糖作为活性成分制备漱口水，能够有效抑制NO的分泌释放，降低IL‑1β、IL‑6等炎症因子水平以及巨噬细胞吞噬活性，同时可以显著降低慢性牙龈炎的PLI和GI评分，抑制菌斑堆积，减轻牙龈炎症；并可降低BOP阳性牙位数量，有效缓解牙龈出血。除此以外，本发明以桑枝和桑椹等天然产物作为活性成分，安全性好，成本低廉，具有极大的市场前景及社会意义。