本发明公开了一种多元异构设备运行控制方法、系统、电子设备及存储介质，包括：获取多元异构设备的运行状态和负荷数据，通过负荷感知策略，确定负荷特征参数；基于所述多元异构设备的数据传输方向，通过拓扑辨识策略，确定内部设备之间的相互作用关系；基于所述负荷特征参数和所述相互作用关系，通过用能评估策略进行能耗评估，得到能耗异常内部设备和能耗异常环节；基于所述能耗异常内部设备和所述能耗异常环节，对所述多元异构设备的运行参数进行优化。本发明能够有效降低能耗，实现能源的高效利用。