本发明实施例涉及一种基于自回归模型处理分子生成任务的系统，所述系统包括：任务调度模块、任务训练模块、任务执行模块、复合物数据库、自回归模型库和任务接口库；任务调度模块进行模型训练参考数据准备得到第一参考数据向任务训练模块发送，并在确认模型训练结束时进行分子生成任务参考数据准备得到第二参考数据向任务执行模块发送，并将收到的生成分子构象向外部接口反馈；任务训练模块根据参考数据和复合物数据库对自回归模型库中的指定模型进行训练；任务执行模块根据参考数据和任务接口库进行分子生成任务执行处理；通过本发明对基于结构的药物设计流程进行改善，可以缩短设计周期、提高设计效率。