本发明提供一种颅内动脉血管狭窄双重判定方法及系统，涉及血管狭窄检测技术领域，包括获取患者的CT灌注成像数据和定量磁共振血管成像数据，将预处理后的CT灌注成像数据与定量磁共振血管成像数据配准到同一坐标系下，得到标准CT灌注成像数据和标准量磁共振血管成像数据；在标准CT灌注成像数据上选取输入动脉和静脉窦作为参考区域，提取时间‑密度曲线，计算脑灌注参数，同时提取狭窄部位及其前后的血流动力学参数；将得到的脑灌注参数与血流动力学参数进行关联分析，根据关联分析结果构建颅内动脉狭窄的定量评估模型，利用所述定量评估模型对患者颅内动脉血管狭窄程度进行预测，并根据预测结果指导临床干预决策。