本发明公开的一种基于土壤数据库的土壤毒性预测模型构建方法与系统，其中方法包括：获取土壤数据，其中，所述土壤数据至少包括土壤理化性质、物种信息以及元素离子结构特征常数；按照预设比例将所述土壤数据进行数据分类得到训练集与验证集；建立与预设软件的通信连接，其中，所述预设软件至少包括三种监督机器学习算法；基于所述训练集所述预设软件进行模型训练，并利用所述验证集进行模型验证以得到土壤毒性预测模型。本发明构建用于多土壤‑多物种‑多元素的土壤生态风险阈值预测新模型并验证，能够为深入理解土壤中元素生物毒性机制提供新思路，在实践上可为建立元素土壤生态风险基准提供有力的数据和方法支撑。