本发明涉及生物信息学技术领域，公开一种单细胞分辨率的细胞相互作用分析方法、系统、设备及介质，包括：得到多个目标单细胞的测序数据、细胞类型数据以及基因表达数据；根据多个目标单细胞的细胞类型数据和基因表达数据，得到给定配受体基因对在多个目标单细胞中任意类型的单细胞组合下的权重；根据多个目标单细胞的细胞类型数据和基因表达数据以及给定配受体基因对在多个目标单细胞中任意类型的单细胞组合下的权重，得到多个目标单细胞中任意类型的单细胞组合在给定配受体基因对上的细胞相互作用得分，以实现单细胞分辨率的细胞相互作用分析。本发明在单细胞分辨率的层面分析细胞相互作用，结果准确性高，可以根据需求准确地进行下游分析。