本发明公开了一种综合能源系统容量配置多目标规划方法，通过建立综合能源系统能源转换设备数学模型，对综合能源系统中多能互补的机组之间的关系以及实际运行参数进行确定，根据各机组实际运行参数获取各机组的碳排放量获取各阶段碳排放总量，并且输入综合能源系统容量配置对应的两阶段多目标规划模型获取综合能源系统规划阶段碳排放总量和成本以综合能源系统规划阶段碳排放总量和成本之和最小为目标函数，对该目标函数采用求解，得到综合能源系统最优容量配置方案，充分考虑了碳排放因素对于容量配置规划的经济性的影响，使综合能源系统容量配置更加合理、可行，既考虑了经济性，也考虑了碳排放从而平衡了经济效益和环境效益。