本发明公开一种基于过流程度差异的纵联保护方法及装置，方法包括采集故障发生时刻时，故障线路两侧的电压信息和电流信息；根据故障线路两侧的电压信息和电流信息，计算故障两侧保护装置的过流程度，并基于过流程度进行两侧的开关量故障标志赋值；基于故障两侧的开关量故障标志，确定故障为区内故障或区外故障；在确定故障为区内故障时，故障线路两侧保护装置执行保护动作，实现故障隔离；本发明方案适应分布式电源带来的故障电流双向流动问题，可实现含高比例分布式电源配电线路故障的准确隔离。